Dalam usianya yang telah mencapai dua abad lebih, secara berturut-turut pesantren Qomaruddin dipimpin oleh dzurriyat (keturunan) Kiai Qomaruddin yang ditetapkan melalui musyawarah keluarga. Dalam tradisi pesantren Qomaruddin suksesi kepemimpinan dilakukan pada saat pemangku pulang ke Rahmatullah (meninggal dunia). Sebelum dilakukan sholat jenazah dan pemakaman, para sesepuh pesantren yang terdiri atas dzurriyat Kiai Qomaruddin bermusyawarah untuk menentukan yang berhak menjadi pemangku berikutnya. Di antara kriteria utama yang menjadi pertimbangan adalah :
1. Hubungan Kekerabatan
2. Kemampuan Membaca Kitab
3. Penguasaan Terhadap Ilmu Agama
4. Pengabdian di Pesantren
5. Dikenal oleh masyarakat luas.
Sampai saat ini pemagku (kepemimpinan) di Pondok Pesantren Qomaruddin sudah mengalami pergantian sebanyak tujuh kali (tujuh generasi). Para pemangku yang dimaksud ialah :
1. Kiai Qomaruddin, pendiri Pondok Pesantren Qomaruddin (1775-1783 M)
2. Kiai Harun (Kiai Sholeh Awal) memangku tahun 1801-1838 M/1215-1254 H
3. Kiai Basyir, memangku tahun 1838-1862 M/1254-1279 H
4. Kiai Nawawi (Kiai Sholeh Tsani), memangku tahun 1862-1902 M/1279-1320 H
5. Kiai Ismail memangku tahun 1902-1948 M/1320-1368 H
6. Kiai H Sholeh Musthofa (Kiai Sholeh Tsalis) memangku tahun 1948-1982 M/1368-1402 H
7. Kiai Ahmad Muhammad Al-Hammad, memangku tahun 1982 M/1402 H sampai Sekarang
